När man ska utföra en rotfyllning måste man först borra för att komma åt pulpan. Tanden bör friläggas för att få ett sterilt arbetsfält. På så vis undviks att saliv och bakterier tar sig ner i den rena rotkanalen. Man använder då en gummiduk, så kallad kofferdam, som fästs runt tanden.
Rensningen av tanden utförs med hjälp av små filar som rengör och formar rotkanalerna ända till rotspetsen. Mellan gångerna spolas det rikligt med olika spolvätskor.
I vissa fall är det möjligt att göra färdigt rotfyllningen vid ett besök, men ibland, framför allt vid stora infektioner vill man vara säker på att bakterierna är helt borta. Då krävs det två besök där man vid första tillfället efter att rotkanalen är rensad, lägger ett bakteriedödande medel i kanalen och fyller den med ett provisoriskt material.
Efter några veckor upp till en månad senare görs sedan den permanenta rotfyllningen. Det innebär att de rensade kanalerna fylls med ett gummimaterial, guttaperka, som försluter tanden så att inga bakterier kan komma ner.
I många fall kan tanden lagas med en vanlig fyllning. Finns det inte mycket kvar av tanden behövs det ibland en krona på tanden dels för att återfå tandens naturliga utseende och hållfasthet.